Zapewnienie funkcjonowania adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej należy do obowiązków kierownika jednostki, stosownie do zapisów art. 69 ust. 1 pkt 3  ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych.
W sprawach kontroli zarządczej Izba Administracji Skarbowej w Poznaniu wraz z podległym urzędem celno-skarbowym i urzędami skarbowymi stanowi jedną jednostkę, której kierownikiem jest Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Poznaniu.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Poznaniu jest zobowiązany do zapewnienia adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej w kierowanej jednostce.
Zgodnie z art. 68 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych kontrolę zarządczą w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

1. zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
2. skuteczności i efektywności działania;
3. wiarygodności sprawozdań;
4. ochrony zasobów;
5. przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
6. efektywności i skuteczności przepływu informacji;
7. zarządzania ryzykiem.